Ma quale è la composizione reale del terreno su cui viviamo? Il suolo è costituito dallo strato più superficiale della crosta terrestre in cui le radici trovano nutrimento e appoggio. È formato per una parte da minuscole particelle, provenienti dal disfacimento del substrato roccioso sottostante provocato da agenti climatici e da organismi, soprattutto vegetali, attraverso interazioni fisiche, chimiche e biologiche. Per una metà è formato da acqua e da aria, che ne rappresentano la componente inorganica, da sostanze organiche in decomposizione e da organismi viventi, che ne rappresentano la componente organica. La sua stessa composizione è un'integrazione di diversi componenti e fattori, e di conseguenza non è possibile delimitarne lo studio isolandolo dal contesto più vasto dei cicli fondamentali della materia e dell'energia (tra i quali il ciclo dell'acqua, del carbonio, del fosforo e dell'azoto).
Il suo processo di formazione è estremamente lento, e comporta una serie di processi di erosione, che si aggiungono a fenomeni chimici che modificano profondamente la struttura delle rocce. Il contenuto organico del suolo viene acquisito lentamente tramite l'azione di organismi pionieri (licheni, muschi, alghe). Le piante, al termine del loro ciclo vitale, muoiono, mentre altre le sostituiscono, formando in tal modo un piccolo strato di sostanze organiche. Il terreno si arricchisce sempre più di microrganismi e di piccoli animali fino a giungere ad un equilibrio rispetto alla composizione del suolo e degli altri fattori che vi influiscono. Il ciclo di formazione così si chiude: dalla roccia madre all'humus, ossia dalla roccia alla formazione dello strato superficiale di terreno coltivabile. Si può quindi affermare che il suolo è vivo perché è in continua evoluzione e perché è sede di numerosi processi e cicli biologici essenziali.
L'uomo è il principale agente modificatore del suolo e può essere considerato responsabile di effetti disastrosi sugli equilibri biologici e idrogeologici mediante spostamenti di terreno, bonifiche di zone umide, attività estrattive, disboscamenti, allevamento indiscriminato del bestiame, monocolture, scarsa cura nell'evitare l'avanzamento del deserto tramite colture arboree ecc… Le interazioni tra l'uomo e il suolo sono probabilmente antiche quanto l'uomo stesso, però è solo in tempi geologici recenti, con l'incremento contestuale della popolazione umana e delle capacità tecniche che caratterizzano i tempi moderni che queste interazioni sono diventate devastanti.

La sostanza organica del suolo rappresenta la più grande riserva terrestre di carbonio, con 1500 miliardi di tonnellate di C organico, mentre nell'atmosfera sono presenti 720 miliardi di tonnellate di C sotto forma di anidride carbonica e solo 560 si trovano nella biomassa vegetale.

Tali forme sono rimaste in un equilibrio stabile fino all'avvento dell'era industriale, quando l'uso di combustibili e la deforestazione hanno determinato una forte diminuzione della biomassa vegetale e della sostanza organica del suolo, con conseguente aumento dell'anidride carbonica in atmosfera. La sostanza organica del suolo quindi, oltre all'estrema importanza come fonte di nutrienti per il sistema vegetale, ha anche un enorme ruolo come riserva di carbonio. Questo ruolo è balzato all'attenzione solo recentemente, quando il problema dell'emissione di anidride carbonica nell'atmosfera e il conseguente aumento della temperatura hanno raggiunto dimensioni tali da richiamare l'attenzione pubblica e costringere a utilizzare tutti i mezzi a disposizione per ridurre le emissioni di CO2. Infine bisogna sottolineare l'importanza ambientale di preservare la sostanza organica per combattere il disastro socio-economico derivante dal progredire dei fenomeni erosivi e di desertificazione. Da quanto detto emerge come la sostanza organica del suolo, formata da una miscela eterogenea di tutti i residui che arrivano al suolo, possa presentare caratteristiche chimico-fisiche e velocità di decomposizione diverse a seconda del tipo di vegetazione, del clima, delle proprietà del suolo e del tipo di uso. L'orientamento verso l'accumulo o verso la mineralizzazione della sostanza organica dipende da un delicato equilibrio che può essere preservato soltanto se l'intervento dell'uomo tiene conto di tutti i fattori che concorrono ai due processi. Quindi capire che cos'è la sostanza organica del suolo, da dove deriva, come si trasforma e come si conserva deve essere la base per una gestione sostenibile che miri alla difesa del suolo e alla salvaguardia del territorio.

Andando ad analizzare più da vicino le componenti della biomassa del suolo, possiamo distinguere: microflora (batteri, funghi, alghe, virus); microfauna (protozoi); mesofauna (nematodi, gasteropodi, oligocheti, acari, collemboli, insetti e miriapodi, cioè tutti quei piccoli animali che genericamente chiamiamo vermi, lumache, millepiedi, e genericamente insetti). La microflora rappresenta la parte più rilevante della biomassa ed è quella che maggiormente influisce sulle proprietà biologiche del suolo, regolando i processi biochimici che ne determinano le proprietà nutrizionali. Esistono poi degli organismi intermedi tra i batteri e i funghi, detti attinomiceti, che hanno una rilevante importanza nei processi di demolizione della sostanza organica svolgendo la propria azione su substrati inadatti ad altri microrganismi. Essi attaccano le proteine degradate e gli aminoacidi, con produzione di ammoniaca; la loro azione, insieme a quella di alcuni funghi determina la produzione di geosmina, responsabile del caratteristico odore di terra. I funghi, presenti nel suolo in quantità molto rilevante, sono organismi eterotrofi, caratterizzati dalla formazione di miceli, formati da filamenti chiamati ife che possono avere estensione ridotta o forma ramificata e molto estesa. L'azione svolta dai funghi nel suolo è abbastanza variegata; importante è il ruolo da essi svolto nei processi di degradazione delle sostanze caratterizzate da rapporto molto alto tra carbonio e azoto, anche in condizioni di suoli acidi, poco favorevoli allo sviluppo di batteri. Le alghe sono organismi autotrofi, costituiti da una o più cellule, presenti in quantità molto ridotte nel suolo rispetto a funghi e batteri. Si trovano soprattutto negli orizzonti più superficiali del suolo. Alcune alghe possono fissare l'azoto atmosferico e sono caratterizzate da un basso rapporto tra carbonio e azoto. Forse l'aspetto più importante dell'attività che le alghe svolgono nel suolo è quella legata alla produzione ed emissione di sostanze stimolanti, quali auxine e vitamine, o viceversa inibitrici. I virus, forme intermedie tra la materia vivente e non vivente, sono parassiti obbligati di cellule vegetali, animali e batteriche, partecipano a determinare l'equilibrio biologico come controllori degli equilibri tra le diverse popolazioni di batteri presenti nel suolo.
È la presenza di nutrienti che determina la distribuzione dei microrganismi nel suolo. L'attività metabolica dei microrganismi sulle superfici è di solito molto maggiore di quanto non lo sia nella soluzione circolante del suolo. Studi di colonizzazione microbica hanno dimostrato che la maggior parte dei microrganismi che crescono sulle superfici del suolo sono racchiusi all'interno di un biofilm, che permette l'adesione alle superfici che trattengono i nutrienti necessari alla crescita della popolazione microbica in essi inclusa. Nel suolo, la crescita microbica più abbondante ha luogo sulla superficie delle particelle che compongono il suolo stesso. Persino una piccola particella di suolo può contenere molti microambienti differenti, e su di essa possono, quindi, essere presenti molti tipi diversi di microrganismi. Lo status nutritivo del suolo è l'altro fattore importante che influenza l'attività microbica. La maggiore attività microbica si ritrova negli orizzonti più superficiali ricchi di sostanza organica, specialmente nella zona adiacente alle radici delle piante. Le attività microbiche nel suolo sono perciò essenziali per il mantenimento della vita vegetale e animale, e determinano in larga parte il potenziale produttivo di un dato habitat. Le comunità microbiche assicurano il rinnovamento nell'approvvigionamento della maggior parte degli ioni del suolo. In un suolo ben equilibrato la biomassa microbica si comporta come una riserva di elementi minerali: li trattiene negli orizzonti superficiali del suolo, proteggendoli dalla lisciviazione, e li rilascia progressivamente alle piante.